Esta Iglesia se encuentra enclavada en el centro del conjunto arquitectónico del Cortijo. Antes de construirse el poblado, era una ermita, la cuál se rehabilitó cuando se construyó el conjunto del Cortijo en la década de 1770,por Jaime Marquet,dotándola de mayor capacidad para que pudieran asistir a la misa los numerosos gañanes, empleados y peones del sitio,siendo consagrada en el año 1789. Alvarez de Quindós nos lo relata:
"Con este motivo,se mandó fabricar una ermita en medio de la casa y la bodega,con advocación a San Isidro Labrador,patrón de Madrid, de sólida fábrica y una nave con su cúpula y frontispicio de orden dorio,donde todos los años se celebra la conmemoración del Santo día 15 de Mayo, asistiendo el cura y capellanes de Alpajés"
En la Iglesia podemos admirar una imagen de la Virgen de Covadonga (patrona de Asturias).Así mismo hay tres frescos de Stolz referentes a los tres milagros que se atribuyen al santo.Por otro lado,también hay dos figuras del Patrón del Cortijo. Es de señalar que tanto la Virgen de Covadonga, como la gran lámpara central y un reloj que se encuentra en un lateral de la Capilla,corresponden a donaciones hechas por particulares. El reloj está conectado a un sistema de megafonía por el que se escucha en todo el poblado.
